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どういう状況でそうなったかわからない何とも言えませんが、もし再現して手順が分かる場合、教えてもらえると助かります。
幾つか関連しそうなことを書いておきます。
[その他]→[ファイルタイプ別の設定]→[その他]→[保存・読み込み]のエンコードの種類は、既存のファイルを読み込んだり上書き保存するだけでは何も影響は無いです。
[その他]→[ファイルタイプ別の設定]→[デザイン]→[表示1]のところの、[改行コードを区別して表示]はONにしておくと、LFとCR+LFが別の形の矢印になって見えるので、ONにしておくと変わった部分が視覚的にわかります。
[その他]→[動作環境]→[ファイル]→[エンコード2]の、[改行コードが混在するとき警告メッセージを表示]をONにしておくと、混在しているときにメッセージが出ます。
[その他]→[動作環境]→[編集]→[コピー&貼り付け]の、[改行コードを区別する]がONになっていたら、外部のコピー元からの貼り付けなどでCR+LFが混在することになるので、これをONにするのはやめたほうがいいです。
他には、マクロでinsert "\r\n",1;のように明示的に区別した挿入があると混在することがあります。
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