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秀丸エディタ上から、clang-formatなどの何らかのコマンドラインツールを使って整形などをするには、標準入出力を使うといいです。
最も簡単な方法は、全て選択してから[その他]→[プログラム実行]で、詳細指定はOFFのままコマンドラインで
clang-format.exe <con >con
といったように <con と >con を付けるとできます。
ただし最近のコマンドラインツールはUTF-8なことが多いので、UTF-8の場合は<con >conは付けず、詳細指定をONにして、標準入力と標準出力をONにして、エンコード指定でUTF-8を明示的に指定します。
マクロを使ってrun文やrunex文、hidemaru.runProcessなどで同様のこともできます。
他には、変換モジュールを作って同様のことをする方法があります。
変換モジュールは、[その他]→[動作環境]→[編集]→[変換]のところに登録しておいて、[編集]→[変換]のサブメニューから使うものです。
変換モジュールでする場合は、[マクロ]→[マクロヘルプ]の、目次の一番下あたりにある変換モジュールのところに作成方法などがあります。
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