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はじめまして。
環境：
OS：Windows10 Home 64bit
秀丸：Ver.9.35 (32bit、64bit)
"^"で正規表現検索をすると、通常の検索だとちゃんと各行頭に順次ヒットしますが、grepすると挙動がおかしくなるようです。
"^"でgrepすると全行がヒットするはずですが、上級者向け設定の「動作環境 > grepの動作 > 文字数制限の設定」で「高速(F)（推奨）」以外を選択すると、空行の次の行は検索がスキップされてしまっている感じです。
ファイル内容：
01|1
02|
03|
04|2
05|
06|
07|3
08|
09|
10|A
11|B
12|C
13|
14|a
15|
16|b
17|
18|c
上記ファイルを"^"でgrepした結果：
(1): 1
(2):
(4): 2
(5):
(7): 3
(8):
(10): A
(11): B
(12): C
(13):
(15):
(17):
こちらで検証したところ（OSは全てWindows10 Home 64bitです）、Ver.7.**まではそもそもそういう設定項目が存在しないので再現しません。
Ver.8.13(32bit)では「常に文字数制限等を解除した状態で実行(遅くなります)(W)」という設定項目が現れるのでチェックすると、同梱のHmJre.dll V3.41及びjre32.dll V1.17のいずれでも再現します。同バージョンの64bit版でも同様です（こちらはjre32.dllは同梱されていませんが）。
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